柑橘树在生长过程中，主要面临真菌性病害和细菌性病病害，真菌性病害比较多，如烟煤病、疮痂病、炭疽病、树脂病、黑星病、蒂腐病等，细菌性病害就是溃疡病和黄龙病。
针对不同的病害，选择不同的杀菌剂，现在市面上的杀菌剂种类相当多，我所知道的主要的杀真菌的农药主要由有机磷类、代森锰锌、代森锌、代森胺、甲基硫菌灵、三唑酮、噻菌灵、丙环唑、多菌灵、百菌清、醚菌酯等。杀细菌的农药主要有铜制剂，分有机铜制剂和无机铜制剂。
咪鲜胺作为广谱类的杀菌剂，使用比较广泛，药效时间长，在结果树上是可以使用的，而且可以和多种杀菌剂、杀虫剂混合使用，主要用于防治柑橘炭疽病、蒂腐病等。
代森锰锌是一种保护性杀菌剂，不宜产生抗性，使用也很普遍，使用得当不会对果实产生药害，主要用于防治柑橘疮痂病、炭疽病、沙皮病、锈壁虱等，还可以给果实补充锰和锌元素。但代森锰锌使用时，要注意，不能和碱性农药及铜制剂混合，不宜与机油乳剂混合，不宜与阿维菌素混合，不宜与有机磷、有机锡的农药混合。
甲基硫菌灵
保护性杀菌剂，通常用来和其他杀菌剂一起混用，起到预防真菌等病害作用。
嘧菌酯
主流的柑橘真菌性病害杀菌剂，是柑橘常见砂皮病、疮痂病、脂点黄斑病等病害重要药剂，目前在柑橘上使用一般是复配剂。
乙蒜素
当前在柑橘上使用主要用来防治青苔病，是当前治疗青苔病效果最好药剂之一，有一定副作用，例如促发新稍等。
苯醚甲环唑
柑橘上防治真菌类病害主要药剂，对于砂皮病、疮痂病、脂点黄斑病等都具有一定效果。
恶霉灵
这个药剂可能使用较少，柑橘根系腐烂等病害可以用来淋根，还可以混合海精灵一起使用效果更好。
无机铜制剂
包括波尔多液、氢氧化铜、氧化亚铜等无机铜制剂，主要用来预防柑桔溃疡病，具有较好的保护作用。无机铜制剂对于红蜘蛛的天敌具有一定杀灭作用，注意轮换用药。
春雷霉素
柑橘上用来治疗溃疡病药剂之一，一般与复配其他药剂一起使用。春雷霉素保护性较差，可以和保护性较强药剂一起使用。
